Olá para evitar ataques ddos indo para seu servidor por http, uma ferramenta que pode ser bastante útil é o mod_evasive. Abaixo irei explicar como instalar.

Primeiramente acesse o link abaixo e pegue a versão stable:

http://www.zdziarski.com/projects/mod_evasive/

Descompacte o arquivo, pode usar o comando abaixo (utilizei a versão 1.10.1)
tar -zxvf mod_evasive_1.10.1.tar.gz

Acesse a pasta do mod_evasive:
cd mod_evasive

Execute o seguinte comando: (Para apache 2.0, se usar uma versão anterior atualize :P )
/usr/sbin/apxs -cia mod_evasive20.c

Adicione as seguintes linhas em seu httpd.conf


DOSHashTableSize 3097
DOSPageCount 2
DOSSiteCount 50
DOSPageInterval 1
DOSSiteInterval 1
DOSBlockingPeriod 400

Pronto agora reinicie seu apache:
service httpd restart
/etc/init.d/httpd restart

Abraços,
que DEUS abençoe a todos.